果胶酶广泛分布于高等植物和微生物中，在某些原生动物和昆虫中也有发现。在微生物中，细菌、放线菌酵母和霉菌都能代谢合成果胶酶。果胶酶一般分为原果胶酶、果胶水解酶、果胶裂解酶和果胶酯酶等。许多微生物都能产生使果胶溶解的原果胶酶，其能从植物组织中使原果胶释放出可溶性的果胶物质。一般根据原果胶酶的作用机理，将其分为2种类型：A型原果胶酶和B型原果胶酶：

A型原果胶酶主要作用于原果胶的光滑区，也就是多聚半乳糖醛酸的区域；

B型原果胶酶主要作用于须状区，也就是连接聚半乳糖醛酸链和细胞壁组分的多糖链。