由小麦、玉米等淀粉经安全、适当的食用级嗜高渗酵母如丛梗孢酵母(Moniliella pllinis)、脂假丝酵母(Candida lipolytica)或类丝孢酵母(Tricho sporonoides megachilensis)在高浓度下(>450g/L)进行酶解发酵后，发酵醪液经加热杀菌并过滤然后经离子交换树脂、活性炭和超滤纯化，结晶、洗涤并干燥而得。一般得率约50%。

赤藓糖醇的生产可分为化学合成法和生物合成法2种。

化学合成法

化学合成法可由丁烯二醇与过氧化氢反应，然后将其水溶液与活性镍催化剂混合并加入阻化剂氨水，在0.5MPa左右通氢气，氢化后得赤藓糖醇产品，但化学法的生产效率低，尚未实现工业化生产。