在酸性条件下，壳寡糖分子中的游离氨基质子化，质子化按能与细茵带正电的细胞膜作用，干扰细茵细胞膜功能，造成细茵体内细胞质流失，对真茵和微生物的生长有。 其抗茵活性与茵种和浓度有关，且随浓度加大其抗茵活性增强，高浓度时有杀茵作用。

甲壳低聚糖是BF的一种重要种类，它能调节动物内微生物的代谢活动，改善微生物区系分布，促进双歧杆茵生长繁殖，从而，使内pH下降，抑制有害菌生长，产生B族维生素，分解，，增进蛋白质吸收。