大豆多糖分子结构主要是酸性糖（半乳糖醛酸聚糖，鼠李二半乳糖醛酸聚糖）主链和中性糖（阿拉伯聚糖和半乳聚糖）支链组成，而蛋白质分子结构是由含有酸性羧基和碱性氨基的肽链组成。当蛋白溶液中加入大豆多糖时，大豆多糖的酸性主链与蛋白质的氨基结合，使整个结合体带负电荷而相互排斥，防止蛋白粒子相互接触而沉淀，与其它酸性多糖稳定剂相比，大豆多糖还有长的中性支链，能维持蛋白粒子更大的空间结构，使蛋白颗粒即使在等电点也不能相互接触而沉淀，这就是大豆多糖优于其它稳定剂并能在酸性条件下稳定蛋白的原因。