低聚异麦芽糖的纯度越高，保健功能越好，产品价值越大，国内纯度高的国内只有立健这个品牌。为此必须把其中的葡萄糖和麦芽糖分离出来。在现有的研究工艺中国内大多数都是用酵母来实现葡萄糖、麦芽糖的消耗（相当于除杂），所以对酵母菌种的要求是不能或者少利用低聚异麦芽糖，现有工艺使用的酵母一般经过特性筛选和基因工程改造，所以建议在试用现有产品的同时进行传统的菌种筛选。也有采用强酸性阳离子交换树脂柱分离的方法和采用葡萄糖氧化酶和过氧化氢酶协同作用去除产物中的葡萄糖的方法，还有结晶法、有机溶剂沉淀法、活性碳吸附法及纳米膜分离法等。 可见要实现低聚异麦芽糖的除杂有一定困难和较高成本。国外基本已采用色谱分离技术，纯度更高，口感也更好。