氢化工序是麦芽糖醇生产的关键工序之一。与木糖、葡萄糖的氢化工艺相比，麦芽糖的相对分子质量较高，使得氧化难度加大。因此为了获得高氢化转化率的麦芽糖醇浆，适当调整包括催化剂、反应压力、反应温度在内的若干氢化条件是十分必要的。 

将麦芽糖浆稀释到需要的浓度，一般在12%-15%，也有采用25%-30%的，但最后需以单位催化剂能反应的糖总量为依据。将糖浆用NaOH调pH至7.5-8.0，调好的糖浆进入加氢反应釜进行加氢，加氢反应催化剂为骨架镍，间歇反应用粉状催化剂（ Ni、Al、Mo），连续反应用块状催化剂，用量为10% -12%。加氢反应压力7.5-8.0MPa，反应温度115-125℃；也可以适当将氢化反应釜压力升至8-12MPa，反应温度120- 140℃。 

氢化液先经过滤，滤框中加入活性炭，一方面滤去杂质，另一方面除去氢化液中的色素，然后进行离子交换，主要目的是除去金属离子，最后可在负压下，用刮板式或薄膜式蒸发器一次浓缩到含麦芽糖醇70%以上的成品。 

结晶麦芽糖醇的生产工艺中，对原料麦芽糖的要求较高，麦芽糖的纯度越高，加氢后的麦芽糖醇纯度就越高。当麦芽糖醇的纯度在90%左右时，其结晶过程才能顺利进行。这就要求原料麦芽糖的纯度达到90%以上，而以目前麦芽糖的生产工艺，要得到高纯度的麦芽糖，成本会大幅增加。采用色谱分离技术制备超高麦芽糖醇，将会使运行成本降低。麦芽糖醇液经色谱分离后，得到山梨醇、其他杂糖醇和纯度95%以上的麦芽糖醇三种组分，收集纯度为95%以上的麦芽糖醇组分，经浓缩、结晶、离心、干燥等工序得到晶体麦芽糖醇产品。